Berikut ini beberapa keunggulan yang dimiliki STAIN WATAMPONE adalah :

1. Penerapan Sistem Manajemen Mutu.
2. Proses pembelajaran dengan penerapan Kurikulum Berbasis Kompetensi (KBK), berbasis pada Student Centre Learning (SCL), dan pemanfaatan Information and Communications Technology (ICT).
3. Menggunakan pengajar/dosen tetap yang profesional dengan latar belakang pendidikan S-1 (143 orang), S-2 (374 orang), S-3 (61 orang) dan Guru Besar/Profesor (32 orang).
4. Program Double Degree (Titel Ganda), yaitu mahasiswa berpeluang untuk mendapatkan dua gelar akademik pada waktu yang sama.
5. Beasiswa Supersemar, Beasiswa Departemen Agama, Beasiswa Prestasi Bank Syariah Mandiri, dll.
6. Lokasi kampus yang strategis, terjangkau dari segala fasilitas kendaraan umum..
7. Asrama disiapkan bagi mahasiswa dari luar kota, dan terletak di dalam Kampus STAIN WATAMPONE.
8. Tersedia Wireless Fidelity (Wi-Fi) gratis dalam kampus, memudahkan mahasiswa  menggunakan internet.
9. Memiliki Lembaga Ketenagakerjaan (Bursa Kerja Online) kerjasama dengan Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi, yang dapat membantu mahasiswa dan alumni dalam mencari peluang kerja.